Les cerfs volants de Kaboul raconte l'histoire d'Amir. On commence par sa jeunesse en Afghanistan dans les années 70. il est fils d'un riche commerçant, vit confortablement dans une belle maison, avec un père dure mais juste qu'il aime et admire. Son meilleur ami est Hassan, le fils de leur serviteur. Malgré cette amitié forte, il sait et sent qu'ils ne sont pas du même milieu, et quand Hassan est agressé par des camarades d'Amir, celui ci ne réagit pas. Leur lien est brisé, et Hassan en concevra une honte qui le suivra jusqu'à l'âge adulte.
On suit Hassan jusqu'au début des années 2000, où il a alors émigré aux états unis. Il reçoit un appel d'afghanistan, alors sous l'emprise des talibans, lui proposant de racheter cette faute qui le hante. Il va alors retourner à Kaboul, dans une ville et un pays métamorphosé, et devoir affronter son passé et sa honte.